臺灣由於位居亞洲與太平洋交接處，進出口貿易一直非常發達，根據台灣的通關制度，無論進出口任何貨物都需要向所在地關稅局進行申報作業，因此，全方位物流公司必須具備全方位的關務系統。

長榮物流擁有健全的關務系統，由專業的關務人員為客戶做好貨物通關的服務；不論是海運或空運、進口或出口、乃至於保稅倉庫、物流中心，我們都可以在最短的時間內，將客戶委託運送的貨物完成通關程序，達到迅速、安全、節約的目標；此外，客戶如運用長榮物流之國際物流中心及倉儲物流系統，有專業的物流管理人員為您安排貨物配送流程，有國家認證的自主管理人員為您隨時把關，再加上一流的關務人員為您做通關服務，讓客戶的貨物能夠全天候二十四小時隨時通關，隨時進出物流中心。

有效的降低成本是所有客戶的目標，協力廠商的數量與選擇可以決定成本的高低；長榮物流提供的全方位物流系統，以專業的關務系統聯結遍佈全球的海空運輸系統及安全便利的倉儲配送系統，有效降低客戶的倉儲運送成本，節省客戶多方連絡的時間，在競爭激烈的國際貿易市場中拔得頭籌，贏得先機。